El día 6 de julio de 1944, siendo obispo de la diócesis Tomás Gutiérrez Díez, se erigió canónicamente en la Parroquia de San José, eligiéndose en cabildo diez días después la primera junta. Realiza su primera estación penitencial en la Semana Santa de 1945 con un único paso.

Hasta 1974, excepto algunos años por circunstancias especiales, realizó su salida procesional desde la Iglesia de San José, en extramuros, recogiéndose en diversos Templos del casco antiguo; en 1975 realizó su salida desde la Santa Iglesia Catedral y a partir de 1976 desde la Iglesia Conventual de Nuestra Señora del Carmen. El 22 de noviembre de 1986 se trasladan los titulares a la nueva Capilla, situada en la calle Vea-Murguía.

En 1992 se produce por primera vez el acto de "Petición de Venia", por el cual la Hermandad en nombre de todas Cofradías llama tres veces en el cancel de la Parroquia del Carmen para que se abran las puertas, dando, asimismo, inicio a los desfiles procesionales en la capital gaditana.

El paso de misterio cuenta con la imagen de Jesús de la Paz montado sobre una pollina, realizada por el imaginero gaditano Miguel Láinez Capote, que es bendecida en diciembre de 1944; posteriormente, es restaurada profundamente en 1978-79 por Francisco Buiza Fernández al encontrarse la imagen apolillada; le acompañan los apóstoles Juan, Pedro y Santiago que se bendicen a la vez que el Cristo, del mismo Láinez, pero que son sustituidas por otras imágenes realizadas por José Pérez Conde en 1982, que añade una mujer hebrea.

Para finalizar el misterio el gaditano Luis E. González Rey esculpe un niño y restaura la pollina en 1996, sustituyendo la imagen del apóstol San Juan en 1999, la mujer hebrea (que sostiene en brazos a un niño, en actitud de presentarlo al Señor) en el año 2000 y los Apóstoles San Pedro y Santiago en 2002 .

María Santísima del Amparo fue adquirida en 1948 en los talleres valencianos de Rafael Peris, aunque no se conoce actualmente al autor material de la talla. Se dice que se emplearon unas manos catalogadas por los expertos como de principios del siglo XVIII para completar la imagen. La Virgen sufre dos restauraciones desde su realización, la primera realizada por Antonio Eslava Rubio, quien la repolicroma, y una segunda de Luis González Rey.

El paso de misterio fue realizado en Sevilla por Manuel Guzmán Bejarano, siendo dorado y policromado por el maestro trianero Antonio Sánchez González, se estrenó en 1967. Es del más puro estilo barroco sevillano, tiene apliques en plata con el escudo de la cofradía y de la ciudad y los bustos de los patronos, San Servando y San Germán; cartelas con emblemas del artista sevillano Jesús Domínguez y en la parte baja de los respiraderos tallados los escudos de los Apóstoles. Se remata con cuatro candelabros de guardabrisas y ánforas doradas y dos puntos de luz. Incorpora en 2004 una palmera en la trasera del mismo. En 2007 se inicia la restauración del mismo procediéndose a un nuevo dorado del paso y a la sustitución de las cartelas de metal por otras de talla, realizadas por Luis González Rey.

El paso de palio es obra de los orfebres sevillanos Hijos de Juan Fernández, terminado en 1976, de estilo clásico, en metal repujado y plateado. Lo forman doce varales, peana y respiraderos, en los que están reproducidas alegorías de la letanía; en el frontal cuenta con una capilla central con la Virgen del Rosario, Patrona de Cádiz, así como una imagen de la Virgen del Carmen en el entrecalle. Lleva un juego de candelería de 78 piezas, doce ramos de cera, dos candelabros de cola, dos faroles entrevarales y juego de ánforas grandes y pequeñas, así como cuatro puntos de luz. El palio es de malla, según los diseños de fray Ricardo de Córdoba, realizado en los talleres gaditanos del artista Mariano Arce, que sustituye a uno de cajón. En la Semana Santa de 2001 estrena el techo de palio realizado por el bordador Ildefonso Jiménez de Jerez de la Frontera (Cádiz), contando con la imaginería menor de González Rey.